Potrei suggerirvi CryFS, che è un'ottimo sistema di directory encrypting che può essere usato anche su un cloud (mentre per ovvi motivi di sincronizzazione di file "container" crittografato, soluzioni Veracrypt o LUKS sono sconsigliati).. prima di questo usavo encfs, che è comunque adatto ad un uso su cloud, ma questo espone delle vulnerabilità di sicurezza che potrebbero essere risolte nella versione 2.0 semmai verrà rilasciata.
https://www.cryfs.org/tutorial
https://www.cryfs.org/tutorial